DSP空间蛋白组技术平台
服务简介

GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP) 是由 NanoString(现 Bruker Spatial Biology)开发的空间组学技术平台,能够在保留组织原位空间结构的前提下,对用户自定义的感兴趣区域(ROI)进行高通量蛋白定量检测。本项目采用GeoMx® DPA空间蛋白质组方案可实现在原生组织背景下对1200+种蛋白质进行空间表达分析,是目前市场上规模最大的基于抗体的空间蛋白质组检测方案。提供前所未有的探索深度,可以实现对组织中任何区域 (如肿瘤区域、免疫交界区域、肿瘤微环境和正常基质区域等),甚至能够富集特定的稀有细胞,快速发现新的蛋白质生物标记物和候选药物靶点。


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技术原理

GeoMx DSP的核心技术是UV光切割+DNA条码化抗体(UV-Cleavable DNA-Barcoded Antibodies)定量体系。每个蛋白靶标对应一个高特异性检测抗体,该抗体通过UV可光切割连接子(Photocleavable Linker)偶联唯一的 DNA 寡核苷酸条码(Oligo Barcode)。


当仪器的紫外光精准照射选定的 ROI 区域后,光切割连接子断裂,DNA条码从组织原位释放,随后被微毛细管吸取收集至 96 孔板的对应孔中。最终经 Illumina NGS 测序对 DNA 条码进行数字化绝对定量,从而获得每个 ROI 中各蛋白靶标的表达丰度。


推荐方案

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实验原理及流程

GeoMx DSP 空间蛋白组学的完整实验流程包含以下关键步骤:从组织切片制备、抗体染色、组织成像与 ROI 选取,到核心的 UV 光切割与条码收集,最终通过 NGS 测序与生物信息学分析获取空间蛋白表达谱。


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技术规格

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GeoMx DSP形态学标记选择

如有自定义需求,可查询官方测试过的自定义marker list,仅供用户参考


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GeoMx DSP全转录组-WTA

对任何组织中的任何靶标进行全转录组空间分析

几乎涵盖所有编码基因,人:18000+ genes;小鼠:21000+ genes

可与蛋白质共同检测

相比PolyA捕获方式,独立探针靶向检测每个基因,灵敏度更高

WTA兼容石蜡包埋(FFPE)样品和新鲜冻存样品(FF),分析结果与RNA-seq和RNAScope技术验证数据高度一致

联合单细胞转录组测序(SCRNA-Seg)数据,可在组织原位研究不同细胞亚群

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